Kennedy suikastı ile ilgili en popüler komplo teorilerinden biri, "sihirli kurşun" teorisi. Bu teori, tek bir kurşunun Kennedy ve Texas Valisi John Connally'yi vurmasının imkansız olduğunu savunuyor. Olay yerindeki görgü tanıklarının çelişkili ifadeleri ve Zapruder filmindeki bazı kareler, bu teoriyi destekleyenler tarafından kanıt olarak gösteriliyor.

Bir diğer yaygın teori ise, Oswald'ın bir parçası olduğu iddia edilen ikinci bir tetikçinin varlığına işaret ediyor. Bazı görgü tanıkları, "çimlik tepe" olarak bilinen bölgeden ateş edildiğini iddia ederken, resmi raporlarda bu iddialar dikkate alınmadı. Bu teoriler, suikastın arkasında daha büyük bir organizasyonun olduğunu ve Oswald'ın sadece bir piyon olduğunu öne sürüyor.

Soğuk Savaş döneminin gergin siyasi atmosferi, Kennedy'nin Küba politikaları ve Vietnam Savaşı'na karşı tutumu, suikastın arkasında farklı güçlerin olabileceği şüphesini artırıyor. Kennedy'nin, Vietnam'dan asker çekme planları yaptığı ve CIA'in faaliyetlerini sınırlandırmak istediği iddiaları, bu kurumların suikastta rol oynadığı teorilerini besliyor.

Mafya ile Kennedy ailesi arasındaki karmaşık ilişki de komplo teorilerinin önemli bir parçası. Kennedy'nin kardeşi Robert Kennedy'nin, Adalet Bakanı olarak mafya liderlerine karşı yürüttüğü mücadele, mafya tarafından Kennedy'ye yönelik bir intikam eylemi olabileceği iddiasını gündeme getiriyor.

Komplo teorilerinin yanı sıra, Warren Komisyonu raporunun eksiklikleri ve çelişkileri de olayın gizemini korumasına katkıda bulunuyor. Raporun birçok önemli detayı göz ardı ettiği ve bazı kanıtları manipüle ettiği iddia ediliyor. Bu durum, kamoyunda gerçeklerin hala saklandığına dair bir inanış yaratıyor.

Kennedy suikastı, yarım asırdan fazla süre geçmesine rağmen hala gizemini koruyor. Belki de tüm gerçekler hiçbir zaman tam olarak ortaya çıkmayacak. Ancak, bu olayın Amerikan tarihine ve dünya siyasetine derin etkileri olduğu inkar edilemez bir gerçek. Suikast, komplo teorilerinin ve spekülasyonların gölgesinde kalmaya devam edecek gibi görünüyor.